2001年10月，根据《昌邑区人民政府办公室关于印发＜昌邑区人事局职能配置、内设机构和人员编制规定＞的通知》（昌政办发〔2001〕29号）精神，中共吉林市昌邑区委机构编制委员会办公室是昌邑区机构编制委员会的常设办事机构，在昌邑区机构编制委员会领导下负责全区行政管理体制改革和机构改革，统一管理全区机构编制的日常工作。中共吉林市昌邑区委机构编制委员会办公室与昌邑区人事局合署办公，正科级建制。

   2009年10月，根据《中共昌邑区委办公室关于印发〈昌邑区机构编制委员会办公室主要职责内设机构和人员编制规定〉的通知》（昌办发〔2009〕22号）精神，原与昌邑区人事局合署办公的中共吉林市昌邑区委机构编制委员会办公室单独设置，列党委机构序列，正科级建制。